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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
16/02/2016 |
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Data da última atualização: |
19/06/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTOS, J. V. M. dos; VALLIYODAN, B.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, YANG.; WANG, J.; VUONG, T. D.; OLIVEIRA, M. F. de; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. |
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Afiliação: |
JOÃO VITOR MALDONADO DOS SANTOS, UEL; BABU VALLIYODAN, UNIVERSITY OF MISSOURI; TRUPTI JOSHI, UNIVERSITY OF MISSOURI; SAAD M. KHAN, UNIVERSITY OF MISSOURI; LIU, Y., UNIVERSITY OF MISSOURI; JUEXIN WANG, UNIVERSITY OF MISSOURI; TRI D. VUONG, UNIVERSITY OF MISSOURI; MARCELO FERNANDES DE OLIVEIRA, CNPSO; FRANCISMAR CORREA MARCELINO GUIMARA, CNPSO; DONG XU., UNIVERSITY OF MISSOURI; HENRY T. NGUYEN., UNIVERSITY OF MISSOURI; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO. |
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Título: |
Evaluation of genetic variation among Brazilian soybean cultivars through genome resequencing. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, n. 110, 18 p., Feb. 2016. |
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ISSN: |
1471-2164 |
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DOI: |
10.1186/s12864-016-2431-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] is one of the most important legumes cultivated worldwide, and Brazil is one of the main producers of this crop. Since the sequencing of its reference genome, interest in structural and allelic variations of cultivated and wild soybean germplasm has grown. To investigate the genetics of the Brazilian soybean germplasm, we selected soybean cultivars based on the year of commercialization, geographical region and maturity group and resequenced their genomes. We resequenced the genomes of 28 Brazilian soybean cultivars with an average genome coverage of 14.8X. A total of 5,835,185 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 1,329,844 InDels were identified across the 20 soybean chromosomes, with 541,762 SNPs, 98,922 InDels and 1,093 CNVs that were exclusive to the 28 Brazilian cultivars. In addition, 668 allelic variations of 327 genes were shared among all of the Brazilian cultivars, including genes related to DNA-dependent transcription-elongation, photosynthesis, ATP synthesis-coupled electron transport, cellular respiration, and precursors of metabolite generation and energy. A very homogeneous structure was also observed for the Brazilian soybean germplasm, and we observed 41 regions putatively influenced by positive selection. Finally, we detected 3,880 regions with copy-number variations (CNVs) that could help to explain the divergence among the accessions evaluated. The large number of allelic and structural variations identified in this study can be used in marker-assisted selection programs to detect unique SNPs for cultivar fingerprinting. The results presented here suggest that despite the diversification of modern Brazilian cultivars, the soybean germplasm remains very narrow because of the large number of genome regions that exhibit low diversity. These results emphasize the need to introduce new alleles to increase the genetic diversity of the Brazilian germplasm. MenosSoybean [Glycine max (L.) Merrill] is one of the most important legumes cultivated worldwide, and Brazil is one of the main producers of this crop. Since the sequencing of its reference genome, interest in structural and allelic variations of cultivated and wild soybean germplasm has grown. To investigate the genetics of the Brazilian soybean germplasm, we selected soybean cultivars based on the year of commercialization, geographical region and maturity group and resequenced their genomes. We resequenced the genomes of 28 Brazilian soybean cultivars with an average genome coverage of 14.8X. A total of 5,835,185 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 1,329,844 InDels were identified across the 20 soybean chromosomes, with 541,762 SNPs, 98,922 InDels and 1,093 CNVs that were exclusive to the 28 Brazilian cultivars. In addition, 668 allelic variations of 327 genes were shared among all of the Brazilian cultivars, including genes related to DNA-dependent transcription-elongation, photosynthesis, ATP synthesis-coupled electron transport, cellular respiration, and precursors of metabolite generation and energy. A very homogeneous structure was also observed for the Brazilian soybean germplasm, and we observed 41 regions putatively influenced by positive selection. Finally, we detected 3,880 regions with copy-number variations (CNVs) that could help to explain the divergence among the accessions evaluated. The large number of allelic and structural variations identified in thi... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Soja; Variação genética; Variedade. |
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Thesaurus Nal: |
Cultivars; Genetic variation; High-throughput nucleotide sequencing; Soybeans. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/139105/1/Evaluation-of-genetic-variation-among-Brazilian-soybean-cultivars-through-genome-resequencing.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Clima Temperado. |
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Data corrente: |
21/01/2015 |
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Data da última atualização: |
21/01/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SCHIEDECK, G.; JAHNKE, D. S.; ZIBETTI, V. K. |
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Afiliação: |
GUSTAVO SCHIEDECK, CPACT; DÊNNIS SILVEIRA JAHNKE, UFEPL; VOLNEI KNOPP ZIBETTI, UFPEL. |
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Título: |
Minhocultura como estratégia tecnológica para a agricultura familiar: a contribuição do Congresso Brasileiro de Agroecologia. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESO INTERNACIONAL DE AGROECOLOXÍA E AGRICULTURA ECOLÓXICA, 5., 2014, Vigo. Propostas agroecolóxicas ao industrialismo: recursos compartidos e respostas colectivas: anais. Vigo: Gieea: Revolta, 2014. |
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Páginas: |
p. 1017-1032. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O Congresso Brasileiro de Agroecologia (CBA) é o principal fórum de divulgação e socialização de conhecimentos para a produção de alimentos sob bases ecológicas no Brasil. A minhocultura e o húmus de minhoca gozam de grande empatia do público que participa do evento e têm forte identificação com os princípios da Agroecologia. O objetivo do trabalho foi avaliar a contribuição do CBA para a expansão da minhocultura, baseando-se no contexto de quatro propriedades de agricultores familiares ecologistas no sul do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. A partir dos anais das oito edições do CBA, foram sistematizadas as informações publicadas sobre minhocultura e húmus de minhoca, enquanto nas propriedades foi avaliada a dinâmica das principais atividades e seu fluxo de resíduos, bem como a atual estratégia de utilização do húmus e as potencialidades de uso não desenvolvidas. Em média, apenas 2% dos trabalhos publicados no CBA abordam o tema, sendo 75,5% orientados à aplicação final do húmus e desses, cerca de 70% dedicados à elaboração de substratos para a produção de mudas. Nas propriedades, os estercos são a base da alimentação dos minhocários, embora haja outros resíduos que não são aproveitados na sua plenitude. Em geral, as estruturas físicas são pouco adequadas ao manejo das minhocas e não existe qualquer tipo de controle no processo de transformação dos resíduos. A principal aplicação do húmus é na fertilização de hortaliças e fruteiras sob a forma sólida, embora a aplicação seja feita de modo intuitivo, uma vez que se desconhecem as características do produto final. Há pouca sintonia entre o que é apresentado no CBA e as necessidades e interesses atuais dos agricultores, o que limita a contribuição do evento para a dinamização da minhocultura como estratégia tecnológica adaptada à agricultura familiar. MenosO Congresso Brasileiro de Agroecologia (CBA) é o principal fórum de divulgação e socialização de conhecimentos para a produção de alimentos sob bases ecológicas no Brasil. A minhocultura e o húmus de minhoca gozam de grande empatia do público que participa do evento e têm forte identificação com os princípios da Agroecologia. O objetivo do trabalho foi avaliar a contribuição do CBA para a expansão da minhocultura, baseando-se no contexto de quatro propriedades de agricultores familiares ecologistas no sul do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. A partir dos anais das oito edições do CBA, foram sistematizadas as informações publicadas sobre minhocultura e húmus de minhoca, enquanto nas propriedades foi avaliada a dinâmica das principais atividades e seu fluxo de resíduos, bem como a atual estratégia de utilização do húmus e as potencialidades de uso não desenvolvidas. Em média, apenas 2% dos trabalhos publicados no CBA abordam o tema, sendo 75,5% orientados à aplicação final do húmus e desses, cerca de 70% dedicados à elaboração de substratos para a produção de mudas. Nas propriedades, os estercos são a base da alimentação dos minhocários, embora haja outros resíduos que não são aproveitados na sua plenitude. Em geral, as estruturas físicas são pouco adequadas ao manejo das minhocas e não existe qualquer tipo de controle no processo de transformação dos resíduos. A principal aplicação do húmus é na fertilização de hortaliças e fruteiras sob a forma sólida, embora a aplicação ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Agroecologia; Congresso Brasileiro de Agroecologia; Evento; Minhocultura. |
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Thesagro: |
Humus; Pesquisa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/116132/1/Minhocultura-como-estrategia-tecnologica-para-a-agricultura-familiar.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: CONGRESO INTERNACIONAL DE AGROECOLOXÍA E AGRICULTURA ECOLÓXICA, 5., 2014, Vigo. Propostas agroecolóxicas ao industrialismo: recursos compartidos e respostas colectivas: anais. Vigo: Gieea: Revolta$c2014
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520 $aO Congresso Brasileiro de Agroecologia (CBA) é o principal fórum de divulgação e socialização de conhecimentos para a produção de alimentos sob bases ecológicas no Brasil. A minhocultura e o húmus de minhoca gozam de grande empatia do público que participa do evento e têm forte identificação com os princípios da Agroecologia. O objetivo do trabalho foi avaliar a contribuição do CBA para a expansão da minhocultura, baseando-se no contexto de quatro propriedades de agricultores familiares ecologistas no sul do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. A partir dos anais das oito edições do CBA, foram sistematizadas as informações publicadas sobre minhocultura e húmus de minhoca, enquanto nas propriedades foi avaliada a dinâmica das principais atividades e seu fluxo de resíduos, bem como a atual estratégia de utilização do húmus e as potencialidades de uso não desenvolvidas. Em média, apenas 2% dos trabalhos publicados no CBA abordam o tema, sendo 75,5% orientados à aplicação final do húmus e desses, cerca de 70% dedicados à elaboração de substratos para a produção de mudas. Nas propriedades, os estercos são a base da alimentação dos minhocários, embora haja outros resíduos que não são aproveitados na sua plenitude. Em geral, as estruturas físicas são pouco adequadas ao manejo das minhocas e não existe qualquer tipo de controle no processo de transformação dos resíduos. A principal aplicação do húmus é na fertilização de hortaliças e fruteiras sob a forma sólida, embora a aplicação seja feita de modo intuitivo, uma vez que se desconhecem as características do produto final. Há pouca sintonia entre o que é apresentado no CBA e as necessidades e interesses atuais dos agricultores, o que limita a contribuição do evento para a dinamização da minhocultura como estratégia tecnológica adaptada à agricultura familiar.
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Embrapa Clima Temperado (CPACT) |
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